مطالعه کانفورماسیونی دی پپتید محافظت شده hco-gly-l-val-nh2 با استفاده از محاسبات کوانتومی

در این تحقیق ? کنفورماسیون های دی پپتید hco–gly –l–val–nh2 که در پروتئین های متعددی وجود دارد ? در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفته است . محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 3 و با بهره گیری از سطوح مختلف تئوری و سری های پایه زیر انجام شده است . ? hf/6-31g* ? hf/6–311++g** ? b3lyp/6–31g* ? mp2/6–31g* بدین صورت که ابتدا ساختارهای بهینه و انرژی برای کنفورماسیون های حاصل از چرخش زاویه (?) به فواصل 30 درجه از صفر درجه تا 360 درجه محاسبه شدند که سه مینیمم در ?= 60 و ? = 180 و ? = -60 بدست آمد که به ترتیب گوچ مثبت و آنتی و گوچ منفی نامگذاری شدند. سپس برای پایدارترین کنفورماسیون حاصل از چرخش( گوچ منفی) ? زوایای پیچشی ? انرژی و مقادیر ترمودینامیکی شامل انرژی آزاد گیبس ?آنتالپی و آنتروپی برای تعیین بهینه ترین حالت محاسبه شدند. بر اساس این محاسبات 1? و 1? و ?2و2 ? به ترتیب در مقادیر 180 و 180 و150 و -120 بیشترین پایداری را نشان دادند. همچنین نقشه ی راماچاندران این دی پپتید در حالاتی که زنجیره ی جانبی در حالت گوچ منفی و گوچ مثبت و آنتی قرار داده شده است در سطح محاسباتی hf و b3lypو mp2 و سری های پایه 6-31g* و 6–311++g** مورد بررسی قرار گرفتند و نتایج نشان می دهد کنفورمرl ? l? پایدارترین حالت می باشد.